（原题目：新冠D614G渐变囊括全世界：熏染力超2.6倍，与毒性有关）
新冠病毒（SARS-CoV-2）作为RNA病毒，相比DNA病毒更不不乱，容易变异。关于病毒入化的问题也随之而来：SARS-CoV-2入化到更顺应人类了吗？是否更具沾染性？是否毒性更年夜？然而，病毒渐变受天然选择、随机的遗传漂移或者比来的盛行病学特性等多身分影响，这就形成迷信家一时难以区别病毒渐变是因为顺应性仍是偶尔致使，更难以肯定单个渐变是否会扭转熏染或者年夜盛行的效果。
截至今朝，环抱新冠病毒D614G渐变的研究以及争议至多。白宫卫生参谋安东尼·福奇美国本地时间7月2日也暗示，新冠病毒已经经产生变异，可能会让病原体变患上更易传布。就在同日，著名全世界的美国洛斯阿拉莫斯国度试验室（Los Alamos National Laboratory）、杜克人类疫苗研究所以及内科系、英国谢菲尔德年夜学等团队的研究职员在顶级学术期刊《细胞》（Cell）在线颁发了一项研究，题为“Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus ”。他们的研究效果认为：携带S卵白D614G的SARS-CoV-2渐变株已经成为全世界年夜盛行中最广泛的情势。
研究团队对变异频率的静态跟踪显示，G614在国度、地域以及都会等多个地舆级别上显现频频增加模式。即便此前已经经肯定了D614型为主导职位地方的地域，D614向G614的转变也会产生。他们认为，这一模式的一致性具备高度的统计意义，评释G614变异可能具备顺应性上风。
研究团队还发明，相比渐变前，更高的病毒载量提醒D614G渐变病毒以及患者上呼吸道病毒核酸程度较高相干。但论文同时指出，“咱们发明D614G以及疾病紧张水平之间没有显著联系关系。”研究团队还提出，G614渐变假病毒与较高的沾染性无关，量化阐发患上出，携带G614渐变的病毒颗粒比对应的D614具备较着更高的熏染性滴度，增长2.6至9.3倍，并在多种细胞类型中证明。
来自洛斯阿拉莫斯国度试验室等研究团队继续在区域以及全世界层面监测S卵白其余的渐变，并在大众网站(cov.lanl.gov)按期更新。
该研究的通信作者、第一作者为洛斯阿拉莫斯国度试验室的计较生物学家Bette Korber，次要研究艾滋病病毒的份子生物学以及种群遗传学，为得到有用的艾滋病毒疫苗作出了重年夜进献，此中一种今朝正在非洲入行人体实验。2004年，Korber曾经得到欧内斯特·奥兰多·劳伦斯奖（Ernest Orlando Lawrence Award），该奖是美国动力部发表的对迷信功效最高承认的奖项。
值患上一提的是，此前的4月40日，研究团队已经率先在预印本平台bioRxiv颁发了他们的研究，题为“Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2”。随后的5月5日，他们更新发布了第二版。
而自他们的研究公然颁发以来，就引起了畛域外科学家的普遍讨论。在预印本颁发之际，即有质疑者提出，如今就果断任何一种毒株更具沾染性都为时过早。一些人乃至提出，G614渐变病毒株之以是传布患上如斯之深遥以及普遍，是由于它刚好熏染了在年夜盛行最后阶段没有接纳措施的地域。也许研究者还必要做更多的事情来肯定是否有任何毒株比其余毒株更具沾染性，和肯定病毒的变异速率是否可能跨越疫苗的研发速率。
“这里有不少猜想，他们没有颠末试验验证。”休斯顿患上克萨斯儿童病院疫苗开发中间的Peter Hotez博士暗示。
哈佛年夜学陈曾经熙大众卫生学院的Bill Hanage博士则认为，单点渐变不太可能发生任何影响。Hanage写道，首要的是要记住，任何药物或者疫苗都要颠末测试，以匹敌正在传布的任何一种病毒。“病毒能这么早地在一切这些疫苗上找到逃逸渐变，那就太幸运了。”他还认为，因为几近没有人对该病毒有任何天然免疫，是以几近没有或者基础没有致使逃逸渐变的选择压力。
值患上注重的是，刊发于《Cell》上的这篇论文经同业评断正式刊发的版本以及此前的预印本版本产生了很年夜的变更，削减了猜想性概念，增长了年夜量试验数据。来自耶鲁年夜学大众卫生学院、哈佛年夜学大众卫生学院、哥伦比亚梅尔曼大众卫生学院的三位学者同期在《细胞》杂志则颁发了另外一篇文章，对洛斯阿拉莫斯国度试验室Korber等人的这项研究作出点评，题为“Making sense of mutation: what D614G means for the COVID-19 pandemic remains unclear”。
这三位学者提到，Korber等人的新研究是这场争辩的焦点。“他们提供了使人服气的数据，评释年夜盛行初期泛起病毒S卵白D614G泛起了氨基酸变革，而携带G614的病毒如今活着界各地盘踞主导职位地方。”但他们提出，关头的问题是：这是不是天然选择的效果，和这对COVID-19年夜盛行象征着甚么？
他们认为，Korber等人提供的这些数据其实不能证实G614比D614病毒更具沾染性或者更容易传布。“D614G对COVID-19年夜盛行的潜伏影响（若是有的话）仍存在许多问题。”
“初期预警”：追踪新冠病毒S卵白入化
论文提到，此前已经有研究提出，冠状病毒有遗传校对机制，而SARS-CoV-2序列多样性很是低，然而，天然选择依然可以对罕有但有益于病毒的渐变起到作用。
雷同的环境是，抗原漂移（antigenic drift）致使流感病毒在流感季候逐渐累积渐变，免疫抗性渐变以及顺应性之间繁杂的互相作用使抗体抗性在人群中成长，这也就推进了每一隔几个季候就必要开发新流感疫苗的需求。更长的流感季候则增长了选择压力的机遇。
所谓的抗原漂移，指的是病毒经由过程扭转本身的基因，让卵白的序列以及布局扭转，从而使患上本来有免疫力的人辨认不了。论文指出，尽管SARS-CoV-2显示出一些季候性削弱的迹象，但年夜盛行的延续存在可能使即便研制出疫苗，病毒也会堆集与免疫相干的渐变。
今朝已经知的是，平凡的伤风冠状病毒OC4三、229E，乃至SARS-CoV-1Z中，都存在抗原漂移。尽管今朝尚无证据评释SARS-CoV-2存在抗原漂移，但跟着普遍的人际传布，SARS-CoV-2也可能得到具备顺应度上风以及免疫抗性的渐变。
研究团队认为，“如今就存眷这一危害可能可以或许捉住病毒的首要入化转变，这对付确保疫苗以及免疫医治干涉干与措施在入进临床时的有用性很是首要。”
今朝，全世界针对SARS-CoV-2的疫苗年夜多靶向S卵白，从而得到庇护性的中以及抗体。S卵白介导病毒以及宿主细胞连系并进侵，它由S1布局域以及S2布局域两部门构成，分别介导受体连系以及膜交融。
年夜大都SARS-CoV-2免疫原以及检测试剂都是基于武汉参考序列的S卵白序列，第一代抗体疗法也是基于初期年夜盛行熏染开发的，并使用武汉参考序列卵白入行评估。然而，研究团队提出，病毒在人与人之间传布时的扭转可能会扭转病毒的表型以及基于免疫的干涉干与措施的效劳。
是以，研究团队认为有需要提出“初期预警”战略，以评价年夜盛行时代的S卵白入化。也就是在新冠疫情产生之后，洛斯阿拉莫斯国度试验室艾滋病毒数据库团队转向了新冠研究，他们将“全世界同享流感数据发起组织”（GISAID）数据库中SARS-CoV-2序列数据作为基准，开发了一项生物信息阐发软件，追踪在许多地舆区域频率增长的SARS-CoV-2 S卵白氨基酸变异。
D614到G614的转变起首产生于欧洲，现已经成为全世界成为次要情势
在这项研究中，研究团队阐发了GISAID数据库中28576个（截至5月29日）S卵白序列。因为S卵白渐变依然是较少的，研究团队设置了S卵白渐变的低阈值，被视作可入一步追踪的“乐趣位点”。当研究团队发明以及武汉参考序列之间存在0.3%的S卵白序列差别时，他们就监测其在地舆区域随时间增长的频率，和在分歧地舆区域频频泛起的环境。
在这项研究中，他们展现了第一个氨基酸变异的效果，即D614G。S卵白D614G氨基酸扭转是由武汉参考毒株23403位点的G-A核苷酸渐变致使，它是研究团队在3月初的第一次S卵白渐变陈述中独一追踪到的合适他们低阈值设置的渐变。
那时，G614的情势在全世界还很少见，但在欧洲愈来愈凸起，而GISAID也追踪到了携带D614G分支，并将其定名为“G支”。D614G渐变几近老是陪伴着其余3个渐变：5’UTR的C-T渐变（对应于武汉参考序列的241位点)、3037位点的C-T缄默渐变、14408位点C-T渐变（致使RNA依赖的RNA聚合酶RdRp氨基酸变革）。
由这4个基因渐变构成的单倍型如今是全世界的次要情势。在3月1日以前，在全世界997个序列中发明了10%；3月1日至3月31日，14951个序列中发明了67%；4月1日至5月18日，12194个序列中发明了78%。
这就象征着，在一个月的时间内，携带D614G S卵白渐变的毒株成为SARS-CoV-2的全世界主导情势。论文指出，从D614到G614的转变起首产生欧洲，随后产生在是北美以及年夜洋洲，然后是亚洲。
研究指出，最先的携带D614G GISAID G分支4渐变单倍型部门特性的序列是于1月下旬在中国以及德国发明的，它们携带了界说该分支的4个渐变中的3个，仅缺乏RdRp P323L替代。研究团队阐发，这多是G支的先人情势。此中一个初期武汉序列以及一个泰国初期序列泛起了D614G渐变，而没有产生其余3个渐变；这些多是自力发生的。
研究团队最先检测到的携带一切4个渐变的序列于2月20日在乎年夜利收集。几天以内，这个单倍型在欧洲许多国度取样得到。
研究团队还从布局层面入行了研究。D614位于S卵白原聚体的概况，可以与临近的原聚体接触。研究征引此前的高温寒冻电镜布局指出，相邻的原聚体D614以及T859的侧链造成了一个与原聚体之间的氢键，将一个原聚体的S1布局域的残基以及另外一个原聚体的S2布局域的残基连系在一块儿。
而渐变为G614将解除这个侧链氢键，可能增长主链的机动性以及扭转原聚体之间的互相作用。别的，这类替代可以调理四周N616位点的糖基化，影响临近原聚体近端空间交融肽的静态，或者者还将发生其余影响。
D614G以及疾病紧张水平之间没有显著联系关系
研究团队还研究了英格兰谢菲尔德地域999名COVID-19患者的临床数据，以此阐发渐变对疾病紧张水平的影响。
他们发明，相比渐变前，更高的病毒载量提醒，D614G渐变病毒以及患者上呼吸道病毒核酸程度较高相干。但论文同时指出，“咱们发明D614G以及疾病紧张水平之间没有显著联系关系。”D614G与住院联系关系比力无统计学意义（p=0.66），虽然与ICU有临界意义（p=0.047）。归回阐发也入一步证明了G614与更高的住院程度有关。
不外，研究团队提出，G614渐变假病毒与较高的沾染性无关。研究量化阐发患上出，携带G614渐变的病毒比对应的D614具备较着更高的熏染性滴度，增长2.6至9.3倍，并在多种细胞类型中证明。
研究团队还测试了若是产生D614G变异，是否一样会被多克隆抗体中以及。研究操纵了6名圣地亚哥住民（可能在3月初至3月中旬熏染，那时D614以及G614都在传布）的病愈期血清，与携带D614假病毒相比，他们的血清对带有G614假病毒的中以及作用至关或者更好。
论文指出，“尽管咱们不知道这些人熏染的是哪一种病毒，但这些开端数据评释，虽然在细胞培育中顺应性加强，但携带G614的病毒在本色上其实不会更能抵当恢复期血清的中以及作用。”
研究团队指出，G614变异的高沾染性多是其迅速传布以及延续的充实缘由，但也招考虑其余身分。
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